In het kabinet van president Megawati was hij minister van Sociale, Politieke en Veiligheidszaken. In 2004 werd hij de zesde president van Indonesië en de eerste rechtstreeks gekozene. In de tweede verkiezingsronde versloeg hij met een ruime meerderheid de zittende president Megawati.
In 2014 werd hij opgevolgd door Joko Widodo.

Na Habibie is hij volgende president met een academische graad.

Zie ook: Presidenten van de Republiek Indonesië.